「freeeの口座振替は、銀行の自動引き落としと同じもの？」「銀行間でお金を移した明細は、出金側と入金側の両方を登録するの？」と迷っていませんか。
freeeで使う「口座振替」は、日常でいう公共料金などの自動引き落としとは意味が異なります。freeeに登録した銀行・現金・クレジットカードなどの口座間で、お金が移動したことを記録する処理です。
先に結論をまとめます。
- 銀行Aから銀行Bへの資金移動は「銀行A → 銀行B」の口座振替
- 銀行から現金を引き出した場合は「銀行 → 現金」の口座振替
- カード代金の銀行引き落としは「銀行 → クレジットカード」の口座振替
- 両方の銀行明細を別々に登録すると二重計上になる
- 振込手数料がある場合は、原則として振替元の出金明細から処理すると確認しやすい
この記事では、2026年7月28日に確認したfreee公式ヘルプをもとに、Web版freee会計で口座振替を登録する方法と、二重登録を防ぐポイントを初心者向けに解説します。
銀行口座をまだfreeeへ登録していない場合は、先にfreeeで銀行口座を連携する方法をご覧ください。
freeeの「口座振替」とは
freeeでは、銀行口座・現金・クレジットカードなどを、お金の残高を管理する「口座」として扱います。
「口座振替」は、ある口座から別の口座へお金が移動したことを記録する機能です。売上や経費が新しく発生したことを記録する「取引登録」とは役割が異なります。
例えば、事業用のみずほ銀行から事業用のりそな銀行へ200,000円を移したとします。このとき事業全体のお金が増えたり、経費が発生したりしたわけではありません。お金の置き場所がみずほ銀行からりそな銀行へ変わっただけなので、「みずほ銀行 → りそな銀行」の口座振替として登録します。
登録すると、freee上では次のように残高が動きます。
- みずほ銀行の登録残高：200,000円減る
- りそな銀行の登録残高：200,000円増える
- 売上・経費：増減しない
口座振替を使う場面・使わない場面
迷ったときは、「新しい売上・経費が発生したのか」「すでにあるお金の置き場所が変わっただけか」で考えます。
| 場面 | 処理 | 理由 |
|---|---|---|
| みずほ銀行からりそな銀行へ資金を移した | 口座振替 | 銀行間でお金の置き場所が変わっただけ |
| 銀行から現金を引き出した | 口座振替 | 銀行の残高が減り、手元の現金が増えた |
| 現金を銀行へ預け入れた | 口座振替 | 手元の現金が減り、銀行の残高が増えた |
| カード利用代金が銀行から引き落とされた | 口座振替 | 銀行のお金で、すでに登録したカード利用分を支払った |
| 交通系ICカードへチャージした（freeeに電子マネー口座を登録している場合） | 口座振替 | 銀行・カードから電子マネーへ資金を移した |
| 商品を販売して入金された | 収入取引 | 新しい売上が発生している |
| 文房具を銀行振込で購入した | 支出取引 | 新しい経費が発生している |
| クレジットカードで消耗品を購入した | 支出取引 | 購入時に経費を登録し、後日の銀行引き落としを口座振替にする |
クレジットカードで支払った経費をレシートとカード明細の両方から登録すると、二重登録になることがあります。詳しくはfreeeでレシートを取り込む方法もご覧ください。
口座振替を登録する前に確認すること
登録前に、次の5点を確認します。
- お金がどの口座から出たか
- お金がどの口座へ入ったか
- 実際に資金が移動した日
- 実際に移動した金額
- 振込手数料があるか
口座の向きを逆にすると、両方の登録残高が実際と反対に動きます。「振替元＝お金が出た口座」「振替先＝お金が入った口座」と覚えてください。
銀行口座を同期している場合は、先に同期を最新にし、対象の出金明細・入金明細が取り込まれているか確認します。
自動で経理から口座振替を登録する
銀行口座を同期して明細が取り込まれている場合は、明細を手入力し直さず、［自動で経理］から口座振替を登録します。
以下の画像は、振替先のりそな銀行に取り込まれた入金明細から処理する例です。振替元・振替先の両方の明細がある場合は、どちらからでも正しく登録できますが、振込手数料があるときは振替元の出金明細から処理するほうが確認しやすくなります。
基本の手順は次のとおりです。
- ［取引入力］から［自動で経理］を開く
- 資金移動に該当する明細を選び、詳細画面を開く
- ［口座振替・カード引き落とし］タブを選ぶ
- 出金明細なら［振替先口座］、入金明細なら［振替元口座］を選ぶ
- 金額、手数料、備考を確認する
- 内容に問題がなければ登録する
画像の例では、りそな銀行の200,000円の入金明細を処理するため、振替元にみずほ銀行、振替先にりそな銀行を設定します。
自動で経理の基本操作は、freeeの「自動で経理」の使い方で詳しく解説しています。
両方の銀行口座を同期している場合は、1回だけ登録する
みずほ銀行からりそな銀行へ資金を移し、両方の銀行口座を同期している場合は、次の2明細が取り込まれます。
- みずほ銀行：200,000円の出金明細
- りそな銀行：200,000円の入金明細
ここで両方の明細を別々の口座振替として登録すると、「みずほ銀行 → りそな銀行」の移動が2回あったことになり、二重計上されます。
口座振替は、どちらか片方の明細から1回だけ登録します。freee公式では、振込手数料を確認しやすいため、振替元であるみずほ銀行の出金明細から登録する方法が推奨されています。
freeeの口座振替マッチング機能で反対側の明細が候補に表示された場合は、内容を確認し、口座振替の登録と同時に反対側の明細を処理します。
マッチング候補が表示されない場合でも、反対側の明細をそのまま登録しないでください。日付・金額・振替元・振替先を照合し、すでに登録した口座振替の反対側だと確認できた場合に限って「無視」にします。
内容が分からない明細を、未処理一覧から消すためだけに無視してはいけません。「無視」は、すでに片方の明細から登録した同じ資金移動の重複を防ぐ場合などに使います。
補足として、freeeの［重複チェック］では、登録済みの取引や口座振替から重複の可能性がある候補を確認できます。ただし、候補に表示されたものが必ず重複とは限りません。日付・金額・振替元・振替先を照合してから処理してください。詳しくは、freee公式の取引の一覧で重複チェック機能を活用する方法をご確認ください。
同期していない口座は手入力で登録する
銀行口座を同期していない場合や、現金同士など元になる明細がない場合は、口座振替を手入力します。
- ［取引入力］から［取引の一覧・登録］を開く
- ［口座振替］タブを選ぶ
- 実際にお金が移動した日を［振替日］へ入力する
- ［振替元口座］と［振替先口座］を選ぶ
- 金額、手数料、備考を入力する
- 振替元・振替先の向きをもう一度確認して登録する
同期済みの明細があるのに同じ内容を手入力すると、二重登録になる可能性があります。手入力する前に、自動で経理へ対象明細が取り込まれていないか確認してください。
振込手数料がある場合の入力
例えば、みずほ銀行からりそな銀行へ200,000円を移し、振込手数料220円がみずほ銀行から一緒に引き落とされた場合を考えます。
- みずほ銀行から減る金額：200,220円
- りそな銀行へ入る金額：200,000円
- 振込手数料：220円
上の手入力画面の仕訳形式プレビューでも、りそな銀行が200,000円増え、みずほ銀行が200,220円減り、差額220円が支払手数料として記録されることを確認できます。
振替元の出金明細が200,220円で取り込まれている場合は、その出金明細から口座振替を登録し、手数料欄へ220円を入力します。これにより、りそな銀行へ移動する金額は200,000円となり、220円は支払手数料として記録されます。
銀行によっては、振込額と手数料が別々の明細になることがあります。その場合は、200,000円を口座振替として登録し、220円の明細を支払手数料の支出取引として処理します。
手数料を含めたまま200,220円すべてをりそな銀行へ移したことにすると、りそな銀行の登録残高が実際より220円多くなります。登録後は両方の口座残高を確認してください。
クレジットカード代金の引き落としも口座振替
クレジットカードで消耗品を購入したときは、購入日・利用日を発生日として、カード口座から支払った経費を登録します。
後日、利用代金が事業用銀行口座から引き落とされたときは、新しい経費をもう一度登録するのではなく、「銀行口座 → クレジットカード」の口座振替を登録します。
画像の例では、カード利用代金87,340円がみずほ銀行から引き落とされています。次のように処理します。
- 振替元口座：みずほ銀行
- 振替先口座：三井住友カード
- 金額：87,340円
- 振替日：実際に銀行から引き落とされた日
銀行の出金明細を「消耗品費」などの経費として登録すると、カード利用時に登録した経費と二重になる可能性があります。銀行明細では［口座振替・カード引き落とし］を選び、対象のカード口座へ振り替えてください。
口座振替でよくある失敗
振替元と振替先を逆にする
お金が出た口座が振替元、お金が入った口座が振替先です。登録前に矢印の向きを声に出して確認すると間違いを減らせます。
出金側と入金側の両方を登録する
1回の資金移動につき、口座振替は1回です。両側を同期している場合は、片方から登録し、反対側はマッチング機能などで重複処理を避けます。
銀行間の移動を売上・経費にする
自分の銀行口座間でお金を移しただけなら、事業全体の売上や経費は増えません。収入・支出取引ではなく口座振替を使います。
カード引き落としを経費として登録する
カード利用時に経費を登録済みなら、銀行引き落としは支払いの処理です。経費として再登録せず、銀行口座からカード口座への口座振替にします。
振込手数料を含めた金額をすべて振替先へ移す
振替元の出金額と振替先の入金額が違う場合は、差額が手数料ではないか確認します。手数料が同一明細か別明細かによって登録方法が異なります。
登録後は両方の口座残高を確認する
口座振替を登録したら、次の点を確認します。
- 振替元口座の登録残高が、振替額と手数料の合計だけ減っている
- 振替先口座の登録残高が、実際に入金された金額だけ増えている
- 反対側の明細が未処理または二重登録になっていない
- クレジットカードの場合は、カード口座の登録残高と請求内容が対応している
- 同じ時点の登録残高と同期残高が一致している
残高が合わない場合は、freeeの残高が合わない原因と直し方を参考に、最初にズレた日から確認してください。
よくある質問
Q. 口座振替は経費になりますか？
いいえ。口座振替そのものは、freeeに登録した口座間でお金を移す処理です。振込手数料など、資金移動に伴って別に発生した費用は支出取引として記録されます。
Q. 両方の銀行口座を同期している場合、出金と入金の両方を登録しますか？
いいえ。1回の資金移動について、口座振替は1回だけ登録します。通常は振替元の出金明細から登録し、反対側の入金明細はマッチング機能などで重複処理を避けます。
Q. 反対側の明細は無視してよいですか？
はい。ただし、すでに登録した口座振替の反対側に当たる同じ明細だと、日付・金額・口座を照合して確認できた場合に限ります。内容が分からないという理由で無視しないでください。
Q. クレジットカードの銀行引き落としは経費として登録しますか？
いいえ。カード利用時に経費を登録済みであれば、銀行引き落としは「銀行口座 → クレジットカード」の口座振替として登録します。
Q. 現金を銀行から引き出した場合はどうしますか？
銀行の出金明細から、振替先を「現金」にした口座振替を登録します。現金には同期明細がないため、反対側の明細を無視する操作は不要です。
まとめ
freeeの口座振替は、売上や経費を新しく登録する機能ではなく、銀行・現金・クレジットカードなどの口座間でお金が移動したことを記録する機能です。
基本の確認手順は次のとおりです。
- お金が出た振替元と、お金が入った振替先を確認する
- 同期明細がある場合は自動で経理から登録する
- 口座振替は1回だけ登録し、両側を二重登録しない
- 振込手数料が同一明細か別明細か確認する
- カード引き落としを経費として再登録しない
- 登録後に両方の口座残高を確認する
参考：
- 資金の移動を登録する（口座振替）（freee公式）
- 会社の銀行口座間での振替を登録する（freee公式）
- 振替元と振替先どちらで登録するか（freee公式）
- クレジットカードの利用内容を記帳する（一括払い）（freee公式）
記事内の画面画像に表示される口座名・明細・金額は、解説用のテスト事業所に入力した架空データです。
本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務・会計上の判断や助言を行うものではありません。具体的な判断は、税理士または所轄の税務署へご確認ください。freeeの画面・機能は変更される場合があります。本文中の操作情報は2026年7月28日に確認しました。
